大兴安岭有以黑龙江、嫩江为主的水系

  大兴安岭有以黑龙江、嫩江为主的水系，以伊勒呼里山为分水岭，岭北为黑龙江水系，岭南为嫩江水系。主要河流有多古河、呼玛河、塔河、多布库尔河、甘河，流域面积50km²以上河流154条，流域面积1000km²以上河流有28条。大兴安岭河流河谷开阔，河床蜿年平均水面蒸发量为582mm，1月份小，5月份大。

  黑龙江水系各河流年均径流量为125.9亿m³。嫩江水系径流总量为44.2亿m3。大兴安岭水资源人均占有量为35093m³，是全国平均水平的10倍以上。  大兴安岭地表水资源量多，年径流深为262.4mm，折合水量为170.09亿m³，地下水资源量相对较少，地下水位从年初呈缓慢下降趋势，在3～5月份地下水位低，此后降水量不断增加，地下水位普遍开始抬高，8～9月份地下水位达到全年的高值后，又逐渐消退。

河流水量主要集中于夏汛雨季。当年11月至次年4月为封冻期，河流水量主要靠地下水补给，水分逐渐减少，一些中、小河流发生断流或连底冻现象。但降雪及冰冻也为河流储蓄了一定的水量，到了春季气温回升，地面积雪、冰冻融化，汇入河流，则河流水量骤增，尤其发源于大兴安岭东侧和伊勒呼里山北侧的河流表现明显，常常形成春汛，出现当年高洪水，径流的时空分布不均，年内及年际变化很大，在全年径流中雨水补给约占75%～80%，融雪补给约占20%～25%。

  大兴安岭地区内各条河流穿行于山谷间，坡陡流急，水量丰沛，除小河在冬季部分时间发生连底冻外，较大河流常年川流不息，流域内植被良好，水土流失轻微，河流含沙量少。

大兴安岭林区拥有河流湿地、湖泊湿地、沼泽湿地、人工湿地四大类型的湿地。